System do ilościowej analizy PCR techniką emulsyjną, Droplet Digital PCR – ddPCR (BioRad)

Centralne Laboratorium Naukowe (CoreLab) oferuje nowy rodzaj badań z wykorzystaniem systemu do ilościowej analizy PCR techniką emulsyjną, Droplet Digital PCR (ddPCR; BioRad).

Droplet Digital PCR przewyższa wcześniejsze ilościowe techniki qPCR, umożliwiając absolutną kwantyfikację badanego genu, bez konieczności wykonywania pracochłonnych krzywych kalibracyjnych. W porównaniu z podobnymi systemami opartymi na mikrochipach, technologia ddPCR wykorzystuje mniejszą objętość próbek i odczynników oraz obniża całkowity koszt badania, zachowując jednocześnie czułość i precyzję charakterystyczną dla cyfrowego PCR.

Technologia ddPCR oparta jest na frakcjonowaniu badanej próbki na 20 000 kropli o objętości rzędu nanolitrów każda i niezależnej amplifikacji matrycy w każdej z nich. W tradycyjnej technice qPCR, pojedyncza próbka umożliwia tylko jeden pomiar. W ddPCR podzielona próbka umożliwia pomiar tysięcy niezależnych zdarzeń amplifikacji w każdej kropli, co wykorzystuje się do identyfikacji pojedynczych kopii zmutowanego DNA lub analizy nieznacznych zmian ilościowych w porównywanych próbach.

Główne kierunki zastosowań ddPCR:

  • detekcja rzadkich mutacji,
  • absolutna kwantyfikacja kwasów nukleinowych,
  • absolutna kwantyfikacja miana wirusa i detekcja patogenów,
  • detekcja rzadkich sekwencji.

Wykorzystanie ddPCR umożliwia wykonywanie nowoczesnych, czułych badań w zakresie szeroko pojętej analizy kwasów nukleinowych w komórkach i płynach ustrojowych, m.in.:

  • analizę wolnego, krążącego DNA pochodzącego z komórek nowotworowych (circulating tumor DNA, ctDNA). Możliwe jest zidentyfikowanie zmutowanego DNA, które stanowi niewielki procent DNA typu dzikiego i ma szanse na wykorzystanie w diagnozowaniu, rokowaniu i monitorowaniu terapii chorób nowotworowych,
  • ilościową analizę dowolnie wybranych egzosomalnych miRNA w osoczu, surowicy i innych płynach ustrojowych.  Istnieje możliwość oznaczenia liczby cząsteczek określonego miRNA, bez stosowania, ciągle dyskusyjnych, kontroli endo- i egzogennych oraz precyzyjne porównanie nawet niewielkich zmian ich stężenia. Ponieważ egzosomalne miRNA mogą odgrywać kluczową rolę w procesie komunikacji pomiędzy komórkami, stanowią one potencjalne, nieinwazyjne biomarkery diagnostyczne i prognostyczne.

W sprawie zleceń usług oferowanych przez Laboratorium oraz sposobu przygotowania próbek do analizy prosimy kontaktować się z: